由于重粒子线具有集中于肿瘤且能照射高放射剂量的性质，所以可以在保持低重度副作用发病率的同时，期待很高的治疗效果。

重粒子线治疗的副作用

照射期间出现的典型副作用有排尿困难（排尿障碍）和排尿次数增加（尿频）。如果程度较强，就开内服药。治疗中或刚治疗之后产生的副作用，大多在治疗结束后1～2个月内恢复到治疗前的状态。治疗后1年左右可能会出现的典型副作用有血便和血尿。有血尿和血尿经验的患者比例占全体的1～2成左右，不过，几乎没有变成重度的情况。但是口服抗凝剂的患者，多少容易发生血便和血尿。另外几乎不会漏尿。关于性功能，不进行荷尔蒙治疗，单独接受重粒子线治疗的患者，大多会维持男性机能。但是因为一部分精囊照射，有产生射精障碍的情况。如果同时使用激素疗法，可能会有激素疗法自身的副作用。频率较高的有发热、肌肉力量下降、性欲减退、勃起障碍等。很多副作用在激素治疗结束后可以得到改善，但也有可能需要很长时间才能改善。