治疗肺部疾病的干细胞治疗大致有两种。

一种是干细胞通过分化为肺细胞而与受损肺细胞替换，也就是说是以细胞再生为目的的治疗。

另一种是肺细胞再生和干细胞免疫调节。关于干细胞的再生能力，干细胞的特性是众所周知的，所以是很容易想象的治疗。然而，另一方面，免疫抑制通常不是众所周知的。

干细胞的特性之一是免疫细胞的调节。关于这一点，许多调节系统已通过分子生物学技术在基础研究中得到证明。

例如，人类骨髓间充质干细胞通过细胞分泌Tranforming growth factor beta1(TGF Beta1)、Hepatocyte growth factor(HGF)和前列腺素。

这些分泌分子抑制与免疫密切相关的CD4阳性细胞、CD8阳性细胞的细胞增殖。此外，干细胞还分泌Indoleamine2，3-dioxygenase(IDO)，这种分子抑制起免疫核心作用的T细胞的细胞增殖。

此外，据说干细胞诱导免疫细胞凋亡。细胞凋亡是使用编程系统的细胞自发死亡的现象。这种凋亡可以调节细胞数量，防止系统失控。

许多肺部疾病伴随肺部炎症，大部分炎症与免疫相关。

举一个炎症机制的例子进行解释说明。当病毒感染细胞时，细胞发出指示感染的信号。以那个信号为目标，免疫细胞聚集起来。免疫细胞攻击病毒感染的细胞并破坏细胞。病毒基本上不是在细胞内就不能增殖，所以一旦感染的细胞被破坏，尚未将增殖的病毒制造到可以感染其他细胞的水平，所以不能扩大感染。

因为免疫细胞分泌炎性细胞因子，所以如果免疫细胞聚集得太多，那部分就会引发炎症反应。当干细胞到达那里时，干细胞分泌的分子和抗炎细胞因子可以阻止免疫细胞的失控。

干细胞通过这种功能，取得免疫细胞感染细胞攻击和炎症诱导的平衡，防止过度发炎。炎性反应对于感染细胞是必须的，但是免疫细胞总是有能力过度的倾向，所以通过投入干细胞治疗，可以期待取得平衡。

而且，虽然是再生治疗，但肺一般被称为不再生的内脏器官，在再生医疗中，关于肺再生的研究也处于落后状态。治疗是以肺移植为支柱实施的，日本于1998年进行了第一次活体部分肺移植，从那以后实施了500多例。

肺是部分接触外部空气的器官。因此，有时会因为从外部进来的物质而受损。这种损伤可能会导致肺癌，但在许多情况下，受损的肺细胞会被修复。在该肺细胞的修复过程中，确认了干细胞分化为肺细胞的现象。

这是在基础研究和临床研究之间经常出现的问题，从分子层面分析生物体内发生的事情的系统，并根据这个系统人工地再现，经常会出现不顺利的现象。目前在肺中，关于干细胞注射的免疫系统调节，预计会以接近预测的形式发挥干细胞的作用。但是，对于肺细胞修复的干细胞分化，很难说它会像预期的那样移动。

目前，当干细胞被用于组成肺部和通往肺部的气管的细胞治疗时，关于能否控制分化，如何控制分化后的细胞变成修复所需的细胞的研究在不断发展。